ฝ่ายบัณฑิตศึกษา คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย รับผิดชอบการดำเนินการและดูแลนิสิตของหลักสูตรต่างๆ ในระดับบัณฑิตศึกษา ซึ่งประกอบด้วยหลักสูตรวิทยาศาสตร์มหาบัณฑิต หลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิตชั้นสูง และหลักสูตรดุษฎีบัณฑิต ทั้งหลักสูตรปกติและหลักสูตรนานาชาติ ภายใต้ความร่วมมือกับโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์สภากาชาดไทยและสถาบันเครือข่ายชั้นนำทั้งในภูมิภาคเอเชียแปซิฟิก ยุโรปและอเมริกา มากกว่า ๕๐ สถาบัน เพื่อตอบสนองความต้องการที่หลากหลายของนิสิตในการเรียนรู้และการวิจัยทางด้านวิทยาศาสตร์การแพทย์และของสังคม ควบคู่ไปกับการสนับสนุน พัฒนาและเสริมศักยภาพนิสิตในมิติต่างๆเพื่อตอบสนองพันธกิจในการผลิตบัณฑิตที่มีคุณภาพ คุณธรรม สร้างงานวิจัยที่มีคุณค่า เป็นแหล่งอ้างอิงทางวิชาการในระดับชาติและนานาชาติและชี้นำสังคม เพื่อให้บรรลุถึงความเป็นสถาบันต้นแบบทางการแพทย์ที่มีคุณธรรมและสร้างมาตรฐานระดับนานาชาติ